Imidlertid er det mange som vegrer seg fordi appelsiner og annen sitrus typisk er hardt sprøytet dersom de ikke er økologiske. Noen unngår å ha ikke-økologisk sitrusskall i bokashibøtta av den grunn. De vil ikke ha sprøyterester i matjorden sin.
Noen lager egne bokashibøtter med sitrus og annet sprøytet matavfall, og bruker jorden fra disse bøttene til blomsterbed i stedet.
Selv ser vi litt pragmatisk på det: EM-1, som er den blandingen av mikroorganismer som finnes i bokashistrø, brukes til mye annet enn bokashi kjøkkenkompost. Blant annet til biorensing av vassdrag. Vi tar sjansen på at mikrobene hamler opp med det verste av sprøyterester. Men det blir opp til hver enkelt hvordan man ønsker å håndtere det.